Ein Glutathion-Mangel kann viele unterschiedliche Auswirkungen haben. Einer der folgenreichsten Effekte ist der Energiemangel, der durch die verringerte Leistungsfähigkeit der Mitochondrien entsteht. Körperliche und mentale Schwäche, Müdigkeit und Erschöpfung sind die Konsequenzen. Mit einer Mitochondrien-Funktionsstörung (Mitochondriopathie) werden außerdem Krankheiten wie Fibromyalgie, Herpes simplex und viele andere, auch rheumatische Erkrankungen, in Verbindung gebracht.

Andere Erkrankungen beruhen auf Schwermetallbelastungen. Diese entstehen, wenn nicht genügend reduziertes Glutathion zur Verfügung steht, um Blei-, Aluminium-, Quecksilber-, Chrom- und andere Verbindungen zu entgiften. Zu dieser Art Erkrankungen werden z. B. Asthma, Allergien oder Hyperaktivität gezählt.

Das Immunsystem kann bei erniedrigten intrazellulären Glutathion-Werten seine Arbeit nicht mehr vollständig erfüllen – vermehrte und länger andauernde Infektionen sind die Folge, von denen man sich außerdem weniger schnell erholt. Langfristige Folgeerkrankungen der Infektionen sind bei niedrigen Glutathion-Spiegeln wahrscheinlicher.

Letzlich kann sich der Organismus bei einem Glutathion-Mangel nicht ausreichend gegen freie Radikale schützen. Diese reaktiven Verbindungen entstehen nicht nur durch die oben beschriebenen Mechanismen wie Umweltgifte, sondern auch im Rahmen des ganz normalen Zellstoffwechsels. Der dadurch erhöhte oxidative und nitrosative Stress verursacht Zellschäden, DNA-Schäden und unterschiedlichste Gesundheitsprobleme.